Auris heeft zich in 2021, net als in 2020, gehouden aan de maatregelen van de Rijksoverheid voor het onderwijs aangaande COVID-19. Dit betekende dat de maatregelen voor wat betreft quarantaine, zelftesten en preventie zo goed als mogelijk zijn uitgevoerd op alle locaties van Auris.

In de maanden november en december liepen de besmettingen met COVID-19 landelijk sterk op. Dit had tot gevolg dat een groeiende groep leerlingen en medewerkers ziek werden, of genoodzaakt waren om thuis les te volgen of te geven. In deze maanden zijn ook op alle scholen groepen in quarantaine geplaatst, overeenkomstig de toen geldende regels. In overleg met de GGD is besloten één school een week te sluiten wegens oplopende besmettingen. In deze situaties is zo goed mogelijk thuisonderwijs verzorgd. De laatste week voor de kerstvakantie was er een landelijke schoolsluiting. De scholen van Auris hebben in die week voor noodopvang gezorgd.